2013年7月3日，士兵洪仲丘在军营被虐身亡，消息传出，马英九认定这不过是“管教过当”，属于军方管辖范围的个案。当舆论不断披露事件背后的内幕时，马英九仍以一贯的“不介入”态度，等待军方处置。12天后，他在出席另一个仪式时，才首度对洪仲丘事件表态，要求防务部门彻查此案，他并没有召开专门的新闻发布会，也没有对洪仲丘及其家属道歉。当时看台湾电视新闻，我注意到一个非常有意味的细节，马英九离开会场，一位女记者紧追不舍： “您会去洪仲丘家里道歉吗？”记者对舆论的直觉往往比政治人物敏锐，这句问话已经是在提醒马英九民众在期待什么，但马在随从的簇拥下匆匆离去，没有回应。我只能扼腕。
直到39名网民发起成立的“1985行动联盟”，号召7月20日上午9点包围台台湾地区防务主管部门，才一下惊醒梦中人。马英九临时改变原定的党主席选举行程，当天下午立即前往洪家，并对洪仲丘父母承诺：这个案子，他“管定了”。而一再延宕的道歉，拖到了马英九连任国民党主席后的24日，在当天的国民党中常会开场时，马英九终于正式就洪仲丘一事鞠躬致歉。
但一切都太迟了。马英九誓言“管定了”的案子，其实并管不定。军中办案者避重就轻，结案报告疑点重重，涉案人纷纷交保解除羁押。尽管马英九下令解职台湾地区防务主管部门负责人试图平息事态，但火上浇油的军中各部门，已经让马英九来不及了。
